在剧情模式中,玩家必须操纵主角鸣人Uzumaki在广阔的忍者世界中冒险,比如木村忍者村,这在原著中是看不到的,在游戏中可以探索。
随着剧情的发展,玩家在关键时刻会面临不同的选择。
游戏分为有序章节:九尾的进攻,第一章:五影会谈,第二章:第七班的重聚,第三章:两个人的力量,第四章:火影忍者的诞生,第五章:暗中活跃,第六章:战争,第七章:致命的海湾战争,第八章:两个太阳,第九章:暗影之战,第十章。
战斗模式
对战模式是玩家与电脑或者玩家与玩家之间对战,在自由对战中除了惯例的单机双人对战、练*模式外,还有“锦标赛”这样特殊的竞赛模式让最多八名的玩家彼此竞争。比赛模式是玩家和电脑或者玩家之间的游戏。在自由比赛中,除了常规的单人和双人比赛和练*模式之外,还有一种特殊的比赛模式,如“锦标赛”,可供多达8名选手相互比赛。